Dans le cadre de l'infrastructure de recherche "Pôle national des données de biodiversité" (PNDB de son petit nom), les réflexions et actions en cours sur les aspects FAIRisation de la donnée, mais plus généralement des objets de recherche en écologie, proposent la mise en place de produits et services, autour de la donnée de biodiversité, "aussi FAIR et open que possible".
Grâce au support du réseau DevLOG (réseau des acteurs du Développement LOGiciel au sein de l'Esneignement Supérieur et de la Recherche), le PNDB organise une première action ouverte à tous de type atelier de travail / "collaboration fest" incluant un aspect formations introductives.
Cette action se déroule du 6 au 8 novembre en cette belle station marine de Concarneau et a pour but notamment de tester l'intérêt de la mise en place d'un tel événement annuel dédié aux communautés en écologie.
Programme prévisionnel
L'idée est de faire une première ~demi journée de présentation/formation introductive puis un grand temps d'échange (~2 jours) de travail en petits groupes
Matin 19 : Intro ( 11h- 12H)
- Introduction aux journées en présentant la vision FAIR du PNDB
Après-midi 19 : plusieurs intervenants (13h-18h) :
- Aspect outils "génériques" de développement en écologie, orienté R
- Formation rapide introductive à GIT et github
- Bonnes pratiques de travail avec R / science reproductible / workflow / package via R, RStudio et Shiny
- Formation rapide introductive à Docker avec application en SIG
- Aspect Métadonnées
- Formation rapide introductive à l'EML
- Aspect Analyse de données
- Formation rapide introductive à dev Galaxy dont conda
Matin 20 (9h) -> Après-midi 21 (16h) : Travail en petits groupes / Hackathon / Collaboration Fest
- Sujets potentiels - développements "métadonnées" liés aux standards utilisés en écologie (Darwin-core / EML / ISO19115 / ISO19110...) et/ou aux catalogues de données/métadonnées (GeoNetwork/Metacat/Dataverse/Zenodo...)
- développement de scripts R en mode function / package
- développement d'applications R Shiny
- containerisation d'applications R Shiny pour intégration dans Galaxy
- développement d'outils Galaxy à partir de scripts R
- développement de matériels de formation 'e-learning" via l'infrastructure du Galaxy Training Network
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